La Comunidad María Auxiliadora de la Inspectoría "Sagrado Corazón" de las Hijas de María Auxiliadora - FMA - Salesinas se funda el 14 de octubre de 1936, con la apertura formal de la Escuela Corazón de María el 5 de octubre de aquel año en el Oratorio Juana Valdivieso, bajo la protección de la Virgen Auxiliadora.
Desde sus orígenes, la institución asumió el compromiso de educar de manera integral a niñas, niños y jóvenes a través de la pedagogía salesiana de San Juan Bosco y de Santa María Mazzarello, una propuesta que enseña con la razón y con el corazón para formarlos como "buenos cristianos y honrados ciudadanos".
El crecimiento de la institución sumó un logro trascendental el 7 de septiembre de 1948, tras una evaluación iniciada en octubre de 1947, cuando el Ministerio de Educación aprobó la modalidad de Colegio Normal, inaugurando el curso magistral Superior el 4 de octubre de ese mismo año.
La identidad carismática de la Institución se consolidó oficialmente al iniciar el periodo lectivo 1965-1966, época en la que asumió con orgullo el nombre de Colegio "María Auxiliadora".
Al alba del nuevo milenio, el 5 de octubre de 2000, alcanzó su madurez institucional al ser reconocida legalmente como Unidad Educativa Salesiana "Maria Auxiliadora", unificando la enseñanza desde Preparatoria hasta el Bachillerato.
Fiel a su constante desarrollo de la oferta educativa, la institución extendió su labor en el año 2021 hacia la infancia temprana con la apertura del nivel de Inicial II. Finalmente, en el año 2022, junto con la sólida trayectoria y vigencia de su oferta en el Bachillerato General Unificado, la Unidad Educativa diversificó su propuesta formativa al implementar el Bachillerato Técnico en "Gestión Administrativa y Logística", sellando un legado de excelencia integral al servicio de la juventud cuencana.
Casi nueve décadas de trayectoria educativa, transformación social y compromiso con la excelencia integral, bajo los principios de la pedagogía salesiana.